陰離子交換色譜柱是指離子交換色譜中的固定相中的一些帶電荷的基團，這些帶電基團通過靜電相互作用與帶相反電荷的離子結合。如果流動相中存在其他帶相反電荷的離子，按照質量作用定律，這些離子將與結合在固定相上的反離子進行交換。
　　陰離子交換色譜柱基本原理：
　　離子交換色譜是蛋白純化技術中常用的一種純化方法，其原理是指被分離物質所帶的電荷可與離子交換劑所帶的相反電荷結合，這種帶電分子與固定相之間的結合作用是可逆的，在改變pH或者用逐漸增加離子強度的緩沖液洗脫時，離子交換劑上結合的物質可與洗脫液中的離子發生交換而被洗脫到溶液中。由于不同物質的電荷不同，其與離子交換劑的結合能力也不同，所以被洗脫到溶液中的順序也不同，從而被分離出來。
　　陰離子交換色譜柱的再生方法有兩種：
　　（1）先用25ml蒸餾水通過柱子以除去緩沖鹽類，再用25ml甲醇沖洗，以除去由于分配效應而殘存在骨架中的雜質，再用25ml蒸餾水除去不溶于甲醇的殘存鹽類，后用緩沖液平衡。
　　（2）先用0.1mol/L的檸檬酸洗滌，然后用水洗滌（不要用堿性溶液，以防硅膠基質溶解），后用緩沖液平衡。
　　陰離子交換色譜柱的操作壓力是不能超過色譜柱說明書中規定的大壓力的，否則會造成色譜不可逆損失。
　　離子色譜柱的啟動 采用標準淋洗液（一般指等淋洗條件）使淋洗達到平衡后，進行色譜標準陰離子的測試分離度和重視性。
　　爐子子色譜柱的儲放 一般情況下，可以采用標準淋洗液作為儲備液，長期儲備需要將色譜柱兩端密封。但對于非抑制型離子色譜柱或早期的抑制型離子色譜柱，由于所有淋洗液比較接近中性，用淋洗液儲放易于長霉，因此需要用高PH值的溶液作儲備液，或者的淋洗液中加入防霉劑作儲備液。